El funcionamiento de los Institutos viene regulado por el Decreto 327/2010, de 13 de julio, por el que se aprueba el reglamento orgánico de los institutos de educación secundaria. Así mismo el Proyecto de Centro contiene varios apartados relativos al funcionamiento del centro, entre ellos el Plan de Convivencia, que regula diversas normas relativas a la convivencia y a protocolos de actuación.
No obstante, conviene regular también aquellos aspectos propios del centro y que deben contribuir a su mejor funcionamiento. Para ello deberemos tener en cuenta la experiencia acumulada en los cursos precedentes desde que empezó a funcionar el centro y que aparecían regulados en anteriores Reglamentos de Organización y Funcionamiento.